Nel 2015 la Terra si è ormai stabilizzata nel suo nuovo assetto climatico e la vita ha ripreso un corso che si potrebbe definire "normale". Intanto, la Nerv ha portato i suoi esperimenti ad uno stato molto avanzato, producendo tre Macchine da combattimento Umanoidi Multifunzione Evangelion. Shinji Ikari, dopo aver trascorso oltre 10 anni senza vedere suo padre, si reca a Neo Tokyo-3 per incontrarlo: è stato scelto per pilotare l'unità EVA-01 e viene così a conoscenza dell'esistenza della Nerv, degli EVA, degli Angeli. Suo malgrado combatte gli Angeli e salva la città dalla distruzione. Conosce Rei, Asuka, Toji e molti altri ragazzi e, gradualmente, apre il suo cuore a nuove amicizie e nuovi interessi.

La venuta degli Angeli, prevista dalla Seele, preannuncia il Third Impact. Apparentemente lo scopo della Nerv è di difendere la Terra dagli attacchi, ma in realtà proprio nel Terminal Dogma è imprigionata Lilith, l'essere che ha generato l'umanità. Sebbene non si sappia il vero motivo che spinga gli Angeli ad attaccare la Nerv, la loro direzione comune sembra quella di entrare in contatto con Lilith. Sembrerebbe che gli Angeli cerchino il contatto con Adam (si fa credere a molti che nel Terminal Dogma ci sia Adam e non Lilith) per generare il Third Impact ed elevare l'umanità intera allo stato divino tramite la fusione di tutte le loro anime.

La conoscenza che ha portato alla creazione degli EVA permette all'umanità di poter fronteggiare gli Angeli; ma è la stessa Seele ad inviare alla Nerv Kaworu Nagisa: il diciassettesimo Angelo creato come clone di Adam, colui che, infiltrato alla Nerv come pilota sostituto di Asuka, dovrebbe avere un contatto col prigioniero del Terminal Dogma e provocare il Third Impact. Kaworu instaura un profondo legame con Shinji, il quale per la prima volta nella vita si sente apprezzato per ciò che è. Ma la sua felicità dura poco: lo scontro finale per il destino dell'umanità, vede scontrarsi proprio loro due: un angelo e un ragazzo, profondamente legati.